Signifikante verwandtschaft

von John Armstrong

Wie würden Sie die Auswirkungen eines berühmten Champions auf seine Rasse bestimmen?

Ein Hund, der viele Shows und viele Titel gewonnen hat, war als Gestüt recht beliebt und hat möglicherweise mehr Nachkommen gezeugt als andere männliche Nachkommen. Dies garantiert jedoch nicht, dass er in fünf oder zehn Generationen mehr Einfluss hat als ein anderer Hund, der nur zwei- oder dreimal gezüchtet wurde.

Prozentanteil

Wenn ausreichende Daten verfügbar sind, können Sie die prozentuale Bedeutung eines Vorfahren ermitteln, indem Sie seinen prozentualen Beitrag zu den aktuellen Hunden berechnen. Der prozentuale Anteil (auch als Prozentsatz von Blut bezeichnet) wird durch die Weitergabe der Gene von den Eltern an die Nachkommen bestimmt. Eine Individuell erbt einen Satz von Chromosomen und die Gene, die sie tragen, von ihrem Vater und einen zweiten, homologen (gleichwertigen) Satz von der Mutter. Somit leistet jedes Elternteil einen Beitrag von 50%. Da die Eltern in jeder Generation immer 50% ihrer Gene zu ihren Nachkommen beitragen, scheint es vernünftig zu erwarten, dass 25% von jedem Großelternteil kommen, 12,5% von jedem Urgroßelternteil und so weiter.
Sobald wir jedoch an den Eltern vorbei sind, handelt es sich um Wahrscheinlichkeiten, nicht um Gewissheiten. Das ist kein Mischen von Farbe! Wenn Papa Ihnen einen Satz seiner Chromosomen passiert, werden sie eine Auswahl von den beiden Elternteilen enthalten, aber es gibt keine Garantie dafür, dass die Auswahl genau gleich ist. Es gibt sogar eine kleine Chance (sehr klein), dass er die von nur einem seiner Eltern weitergibt. Wenn wir 10 Generationen zurückerhalten, würde der Beitrag jedes der 1024 Vorfahren theoretisch etwas weniger als 0,1% betragen. Doch in der Stammbaum des durchschnittlichen Rassehund, gibt es selten mehr als 100 bis 200 verschiedene Namen und einige erscheinen 50mal oder mehr. Dies sind die wesentlichen Vorfahren, die die große genetische machen Wenn Sie einen Stammbaum haben, können Sie den prozentualen Beitrag von Wiederholungen berechnen, indem Sie einfach die Häufigkeit, mit der jeder Vorfahr in einer Generation auftaucht, mit dem entsprechenden Prozentsatz für multiplizieren diese Generation und addieren dann alle berechneten Prozentsätze der Beiträge jeder Generation. Die unten aufgeführte Tabelle zeigt den Prozentsatz an Blut, der von jedem Vorfahren in den angegebenen Generationsstufen geerbt wurde. Generation "1" ist die Eltern.

Sie sollten eine Zahl zwischen 0 und 1 erhalten; multiplizieren Sie mit 100%, um den prozentualen Beitrag zu erhalten. Für viele Rassen gibt es Datenbanken, die Daten enthalten, mit denen Sie einen Stammbaum auf 10 oder mehr Generationen erweitern können. Manuelle Berechnungen sind zwar langwierig, aber immer noch möglich, aber kaum zweckmäßig. Mehrere Stammbaum-Programme berechnen schnell den prozentualen Beitrag für ausgewählte Vorfahren oder für alle Vorfahren für eine bestimmte Anzahl von Generationen und liefern Ihnen Informationen darüber, welche Hunde den größten Einfluss hatten.

Inzuchtkoeffizienten

Während die meisten Züchter erkennen, dass eine Paarung zwischen Halbgeschwistern oder Cousins eine Inzucht darstellt, haben die meisten wahrscheinlich keine Ahnung, welches die engere Beziehung ist. Dies wird durch die nicht standardmäßige Definition der Inzucht in einigen Büchern (z. B. Onstotts "Breeding Better Dogs") nicht unterstützt.

Die Standarddefinition von Inzucht ist, dass es jedes Schema ist, das dazu führt, dass der Vater und die Mutter gemeinsame Vorfahren haben. Viele Züchter verwenden den Begriff "Inzucht" für nahe Verwandte und "Linienzucht" für entfernter verwandte Personen, aber es gibt keinen grundsätzlichen Unterschied. Der Parameter, der verwendet wird, um dieses gemeinsame Erbe auszudrücken, wird als Inzuchtkoeffizient bezeichnet und wurde erstmals von Sewell Wright im Jahr 1922 vorgeschlagen. Er wird von Wright als F bezeichnet (häufiger jedoch von Züchtern als IC oder COI) und kann theoretisch im Bereich von 0 bis 100% liegen die Wahrscheinlichkeit, dass die beiden Allele für ein Gen durch Abstammung identisch sind.

Die Hauptfolge der Inzucht ist die Erhöhung der Homozygotie. Der IC ist jedoch kein direktes Maß für die Homozygotie, da die beiden von verschiedenen Vorfahren weitergegebenen Allele funktionell gleich sein können. Darüber hinaus wird ein Teil aller Gene homozygot sein, da es nur ein Allel gibt. Der IC dient als Indikator dafür, welcher Anteil des Restes durch Inzucht homozygot geworden sein könnte.

Der Inzuchtkoeffizient ist eine Funktion der Anzahl und Position der gemeinsamen Vorfahren in einem Stammbaum. Es ist keine Funktion, außer indirekt, der Inzucht der Eltern. Auf diese Weise kann man zwei hoch Inzucht-Individuen paaren, die wenig gemeinsame Vorfahren haben und einen Wurf mit einem sehr niedrigen IC produzieren. (Da sich die potenzielle Anzahl der Vorfahren mit jeder Generation verdoppelt, erreichen Sie schließlich einen Punkt, an dem die Anzahl der Vorfahren die Anzahl der zu diesem Zeitpunkt lebenden Personen übersteigt. Sie müssen daher einige gemeinsame Vorfahren finden, wenn Sie weit genug zurückgehen.) . Umgekehrt ist es möglich, zwei eng verwandte Hunde zu paaren, die beide niedrige ICs haben, und den IC erheblich zu steigern.

The most widely used approach for calculating inbreeding coefficients is Wright's "paths" method ( siehe Anmerkung ) , best illustrated by a simple example. Suppose we mate half-sibs, the common ancestor, Anson, being the father. Don is the son of Anson and Bess; Eva the daughter of Anson and Claire. Fred is one of their progeny. .

To simplify, we don't show the ancestors that aren't shared:

Now we consider a gene for which Anson carries two different alleles, a1 and a2 . There is a 50% probability of the allele Anson passed to Don being passed on to Fred. There is also a 50% probability that the same allele will be passed from Anson to Eva, and a 50% probability of it being passed from Eva to Fred, if Eva got it. When dealing with events that are contingent (this * and * that must happen), we multiply the probabilities - in this case 0.5 x 0.5 x 0.5 = 0.125 (12.5%). This final number is the probability that Fred will be homozygous for either a1 or a2 because of the common grandfather.

In general, Wright's method is to determine the path from Fred to the common ancestor, Anson, and back again on the other side of the pedigree (Fred-Don-Anson-Eva-Fred), count the number of individuals in the path, excluding Fred (there are 3, Don-Anson-Eva) and then calculate ½ ⁿ , where n is that number. So, in the present case, we have (½) ³ or (½ x ½ x ½) = 1/8, or 12.5%. If this were the only common ancestor, the inbreeding coefficient for Fred would be 12.5%.

Now, suppose the common ancestor was one of the grandfathers of the parents (i.e. a great-grandfather of the litter). This adds an individual on each side of the pedigree, so that we will get a path of the type Fred-X-Don-Anson-Eva-Y-Fred, and the inbreeding on Anson will be (1/2) ⁵ or 1/32 (3.125%).

Like many other genetic calculations, the IC is based on probabilities, not certainties. An individual may be more or less highly inbred than the number computed.

If we had only a single common ancestor to deal with, life would be relatively simple. However, there are two complications to deal with. The first is that there will be more than one common ancestor. Let's consider the case of first cousins. In human populations such a pairing is prohibited in some societies but allowed in others. We have already calculated the inbreeding for a single shared grandparent. First cousins have two shared grandparents, and we simply add the inbreeding coefficient for each to get 6.25%.

The second complication is that the common ancestor may be inbred. If so, his or her inbreeding coefficient will have to be calculated. To account for this we have to multiply the inbreeding coefficient calculated for Fred by (1 + F _A ), where F _A is the inbreeding coefficient calculated for Anson. For example, if Anson is the product of a mating of first cousins, the total inbreeding for Fred will be 0.125 x 1.0625 = 0.133 (13.3%) if there are no other shared ancestors in the pedigree.

Unfortunately, in the average pedigree, there are a large number of shared ancestors. Therefore, the total inbreeding for a dog cannot generally be calculated manually and appropriate software must be used. Calculating inbreeding for only the first few generations is not particularly useful. If there are more than one or two common ancestors in four or five generation pedigree, the inbreeding is probably already higher than desirable. Unfortunately, having none is no guarantee that common ancestors will not occur in abundance further back, and some pedigrees of this type still achieve moderately high inbreeding coefficients. Neither can be number of shared ancestors be used as a reliable guide, as the inbreeding coefficient is very sensitive to when and where they occur in a pedigree.

Is there a quick way of determining how genetically similar two dogs are?

Suppose a breeder has two bitches (A and B) she wants to mate to different males. After careful research she has identified three potentially suitable males (C, D and E), all of which look equally good. She hopes to get a male puppy from one litter and a female from the other, and would like to eventually breed them to each other. The objective could be to pick the combination that will minimize the potential inbreeding. Alternatively, she may be looking for two dogs that are not close relatives yet have similar heritage.

One approach would be to produce hypothetical litters for all combinations: AC, AD, AE, BC, BD and BE. Then we would have to look at the possibilities for the second generation. There will be six if we don't permit shared grandparents, and 36 if there are no restrictions. These potential litters could then be evaluated for inbreeding or the % contribution of significant ancestors. This will certainly provide the data, but is unnecessarily tedious.

The Coefficient of Relationship

The coefficient of relationship (RC) provides a way of objectively assessing the similarity of two pedigrees by giving a number that is a direct measure of shared ancestry. In most human populations, two individuals picked at random would likely have a RC of 0, a brother and sister 50% and identical twins 100%. Other relationships would fall between 0 and 50%.

The number generated may be viewed as analogous to the % composition, except that you are comparing two dogs instead of looking at one. A brother and sister will give a value of 50% as long as an ancestor is not repeated. Once ancestors start to repeat, the individuals no longer have an inbreeding coefficient of zero. Two sibs from a highly inbred line may have an RC of 80% or more, and two dogs that are not sibs may have an RC above 50%.

The formula for the RC is:
R _AB = 2 f _AB ÷ [(1 + F _A )(1 + F _B )] ^½

where f _AB is the inbreeding coefficient of a hypothetical litter between A and B, and F _A and F _B are the inbreeding coefficients for the two individuals, A and B.

A simpler approach to the breeder's problem would be to compute the RCs for C vs D and E, and D vs E. This is not a pencil and paper calculation. However, presented with just such a problem, it took me about 2 minutes to obtain the three RCs with the latest version of CompuPed. My results were:

As D and E share the most common ancestry, so would the progeny from their two prospective litters, while C and D share the least. To minimize inbreeding and maximize diversity, they would be my choice, all else being equal. (These values actually all fall below the average for the breed, which is ~ 23%.).

The Kinship Coefficient

The f _AB term in the RC equation is sometimes called the "kinship coefficient" and may also be used as a measure of the relationship between two individuals. It's computation is the same as that of an inbreeding coefficient for a hypothetical litter between the two dogs. (It doesn't matter if they are the same sex.)

The mean kinship ( mk _i ) for individual i is is the average of the kinship coefficients ( f _ij ) between i and all the other breedable individuals in the population:

A conservation biologist would consider the individual with the lowest mean kinship to be the most genetically valuable in terms of maintaining diversity in the population, and would try to favor that individual in a breeding program.

Note : An alternative approach, often referred to as the "tabular" method, calculates inbreeding from the ealiest ancestor forward to the current dog (or dogs).

© John B. Armstrong, 1998, 1999